Длина озера составляет 8,3 км, ширина – 2,8 км, длина береговой линии – 40,4 км. Озеро занимает часть впадины Литоринового моря, которая простирается от болота Нидас на юге и до Лиепайского озера на севере. Эту впадину от моря отделяет широкая полоса прибрежных дюн. Зона озёрной котловины большая и мелкая, самая глубокая точка – 2 м, а средняя глубина составляет около полуметра. Самые глубокие места находятся в восточной части озера напротив Калнишки и Брушвити, а также у устья реки Лигупе. Русло озера покрыто слоем ила толщиной в 0,5 м. Заливы и полуострова изрезали береговую линию озера Папес, которая очень переменчива во время паводков. Берега отлогие, низкие, восточный и южный берега в основном песчаные, западный – болотистый, а северный – каменистый.
О том, почему на восточном берегу так много больших камней, рассказывает предание: «Чёрт нёс камни от Йодкранте (на Куршской косе) в озеро Стулбайс (бывшее озеро Мейкес). Не успел донести их до озера Стулбайс, как пропел петушок в поместье Папес Сески. От испуга чёрт уронил все камни, и они рассыпались здесь вдоль берега озера Папес».
Озеро Папес богато органическими веществами, то есть является мезотрофным озером. Здесь растут харовые заросли (Charophyta). На побережье озера растут остролистные растениями – так называемая, меч-трава Cladium mariscus, которая именно в этих краях встречается довольно часто, а вот для остальных частей Латвии огромная редкость, т.к. им нужны известковые почвы. Эти биотопы из-за своей редкости охраняются в Латвии и во всём Европейском Союзе.
Фауна рыб
Фауна рыб в озере Папес разнообразная, характерная для мелководных озёр лагунного типа, в которые впадает солёная вода из Балтийского моря. В озере зафиксировано 12 видов рыб (щука, лещ, линь, плотва, уклейка, серебряный карась, верховка и другие). Происходит миграция некоторых видов рыб из моря в озеро (лосось, таймень, язь).
Птицы
Озеро Папес и его окрестности представляют собой важное место для гнездования птиц, а также местом концентрации мигрирующих птиц, особенно водоплавающих. Здесь обитают охраняемые виды птиц: большая выпь Botaurus stellaris, болотный лунь Circus aeruginosus и малый погоныш Porzana parva. На озере вьют свои гнёзда также и многие другие виды птиц, которые включены в приложение № 1 директивы о птицах ЕС. Например, до сих пор не исключено встретить на озере вертлявую камышевку Acrocephalus paludicola, соловьиного сверчка Locustella luscinioides (несколько сотен пар) и усатую синицу Panurus biarmicus. Осенью здесь останавливаются на отдых сотни, а иногда даже тысячи мигрирующих журавлей и гусей.
